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Para o editor: Lemos com interesse, mas também estamos interessados no artigo de Long et al. (1) descrevendo variantes supostas associadas à resistência à doxiciclina de Treponema pálido gene 16S do RNA ribossômico. Determinando se T. pálido pode tornar-se resistente à doxiciclina é urgente dada a sua utilização tanto para a prevenção (isto é, doxi-PEP) como para o tratamento da sífilis, especialmente à luz da contínua escassez de penicilina G benzatina.
Como os grupos que geraram a maior parte dos dados de sequenciamento reanalisados em Long et al. (1), nossas análises não conseguiram reproduzir o achado primário de uma mutação heterozigótica G966T 16S (Escherichia coli numeração) em 9 amostras. Usando métodos genômicos padrão de patógenos (Figura), não detectamos a variante em nenhuma amostra reanalisada em uma frequência alélica superior ao ruído técnico de fundo.
Deve-se notar que >98% dos recursos publicamente disponíveis T. pálido genomas foram gerados a partir de amostras clínicas por sequenciamento metagenômico usando sondas de captura híbridas. Este método preserva dados não reservadosT. pálido DNA, como operons ribossômicos de outras bactérias, na amostra (2,3) e pode introduzir erros ao mesclar leituras de DNA fragmentado em sequências de consenso. Tais artefatos podem ser incluídos no consenso T. pálido genomas disponíveis em recursos públicos, como pubMLST (https://pubmlst.org) ou GenBank e mal interpretados como mutações verdadeiras. Embora Long et al. (1) relatou filtragem para leituras resultantes de treponemanós e outros mostramos a necessidade de métodos mais rigorosos, como o mapeamento competitivo contra sequências ribossômicas relacionadas (2) ou um requisito de quase identidade conhecida T. pálido sequências de RNAr (4) para evitar erros de relatórios inadvertidos.
O desenvolvimento de resistência à doxiciclina por T. pálido pode ter consequências prejudiciais para o controlo da sífilis e é monitorizada de perto por médicos e cientistas. Estamos encorajados pelo aumento da vigilância genômica de T. pálidofornecendo um mecanismo para detecção precoce do surgimento de variantes associadas à resistência.
Principal
Autoria: Instituto Wellcome Sanger, Hinxton, Reino Unido (MA Beale); Escola de Higiene e Medicina Tropical de Londres, Londres, Reino Unido (M Marks); Universidade da Califórnia, São Francisco, São Francisco, CA, EUA (A. Luetkemeyer); Universidade de Washington, Seattle, WA, EUA (C. Celum, MR Golden, L. Giacani, NAP Lieberman)
